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서울특별시 세무조사운영규칙

[시행 2022.01.13]
(일부개정) 2022.01.13 규칙 제4461호

관리책임부서명 : 세무과
관리책임전화번호 : 02-2133-3423

제1장 총칙

제1조(목적) 이 규칙은 「지방세기본법」 제140조에 따라 서울특별시세(이하 "시세"라 한다)에 관한 세무조사를 실시하는 경우 준수할 사항을 규정함으로써 세무조사가 납세자의 권익을 최대한 보장하는 가운데 효율적으로 실시되도록 함을 목적으로 한다. <개정 2017.6.1>

제2조(정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다. <개정 2017.2.23, 2017.6.1, 2018.10.18, 2020.6.4>

1. "세무조사"란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

2. "조사공무원" 이란 서울특별시장(이하 "시장"이라 한다) 또는 서울특별시 관할 구청장(이하 "구청장"이라 한다)으로부터 특정납세자에 대한 세무조사의 위임을 받은 세무공무원을 말한다.

3. "조사책임자"란 세무조사 업무를 담당하는 부서의 장으로서 조사공무원을 직접 지휘ㆍ감독하는 자를 말한다.

4. "일반세무조사"란 특정납세자에 대하여 지방세의 과세요건 성립 여부, 과세표준 및 세율의 적정 여부, 비과세 또는 감면의 적정 여부 등(이하 "과세 적정성"이라 한다)을 검증하기 위해 정기적으로 실시하는 세무조사를 말한다.

5. "특별세무조사"란 세금을 탈루한 방법이나 규모로 보아 일반세무조사의 방법으로는 실질적인 효과를 거두기 어려운 경우에 실시하는 세무조사를 말한다.

6. "직접세무조사"란 납세자의 사무실, 공장, 사업장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 그 관련이 있는 자 등을 상대로 하는 세무조사를 말한다.

7. "서면세무조사"란 직접세무조사 이외에 납세자가 신고하거나 제출한 서류 등으로 하는 세무조사를 말한다.

8. "전부세무조사"란 납세자의 세무조사 대상이 되는 기간에 대하여 납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 세무조사를 말한다.

9. "부분세무조사"란 특정 항목ㆍ부분 또는 거래 일부에 대하여 실시하는 세무조사를 말한다.

10. "전산분석"이란 지방세원의 관리를 위하여 납세자의 지방세 납부상황, 신고내용 등 보유ㆍ관리하는 전산자료와 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 수집하는 과세자료 등에 대한 전산분석 등을 통하여 하는 세무조사를 말한다.

제3조(세무조사의 기본원칙) 세무조사는 다음 각 호의 원칙에 따라 성실하게 수행하여야 한다. <개정 2017.2.23, 2018.10.18, 2022.1.13>

1. 신의성실의 원칙
세무조사를 수행할 때에는 신의에 따라 성실하게 집행하여야 하며, 특히 납세자에게 이미 공시한 사항에 반하는 처분을 하여서는 아니 된다.

2. 근거과세의 원칙
세무조사와 부과권의 행사는 법인장부와 이에 관계되는 증빙자료 등 객관적인 증거에 의하여야 하고 이를 납세자가 수긍할 수 있도록 하여야 한다.

3. 조사비례의 원칙
세무조사는 세무조사 목적달성에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 한다.

4. 납세자별 구분조사 원칙
세무조사는 신고의 성실도와 업종 등 객관적인 기준에 따라 구분 실시하여야 한다.

제4조(비밀준수의 의무) 조사공무원이 세무조사와 관련하여 취득한 자료 등을 다른 사람에게 제공 또는 누설하거나 목적 외의 용도로 사용해서는 아니된다. <개정 2020.6.4>

제5조(세무조사의 관할) ① 세무조사는 「서울특별시 시세 기본 조례」 제3조제1항에 따라 시세의 납세지를 관할하는 구청장이 수행한다. 다만, 구청장이 세무조사를 의뢰하거나 부당하게 지방세를 포탈하거나 환급 또는 감면 받는 등 세무조사가 필요하다고 인정되는 경우에는 시장이 세무조사를 할 수 있다. <개정 2017.6.1, 2020.6.4, 2022.1.13>

② 시장 또는 구청장은 제1항에 따라 세무조사를 수행하는 경우에 조사의 효율성 등을 위해 필요하다고 인정되는 경우에는 다른 지방자치단체의 장에게 세무조사를 의뢰할 수 있다. <개정 2020.6.4>

제6조(세무조사의 협조) ① 납세자 주소지(본점 또는 주사무소의 소재지를 포함한다. 이하 같다)와 사업장(지점, 제조장,  직배장, 하치장 등을 포함한다. 이하 같다)이 납세지 관할을 달리하여 다른 지방자치단체의 협조가 필요한 때에는 시장 또는 구청장은 조사시작 전 또는 조사 진행 중에 협조사항을 구체적으로 명기하여 다른 지방자치단체의 장에게 요청하여야 한다.

② 시장 또는 구청장이 다른 지방자치단체의 장으로부터 협조를 요청받은 경우에는 기간 내에 조사를 하고 그 결과를 회보할 수 있다. <개정 2020.6.4>

제7조(다른 규정 등과의 관계) 지방세 세무조사에 관하여 지방세관계법 등 다른 법령 및 규정에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규칙에서 정하는 바에 따른다.

[전문개정 2020.6.4]

제2장 조사대상의 선정

제8조(세무조사 대상자 선정) 조사대상자는 시세에 관한 신고, 납세의 성실도 및 업종 등을 기준으로 일반세무조사 대상자와 특별세무조사 대상자로 구분하여 선정하여야 한다. <개정 2020.6.4>
[제목개정 2020.6.4]

제9조(선정기준의 공정성과 타당성 유지) 조사대상자 선정기준을 정할 때에는 납세자가 수긍할 수 있는 명백하고 객관적인 기준을 제시함으로써 세무조사의 공정성과 타당성을 유지하여야 한다. <개정 2022.1.13>

제10조(납세자의 성실신고 존중) 시장 또는 구청장은 납세자의 성실한 신고납부를 유도하고 공평과세를 실현하는데 필요한 최소한의 범위에서 조사 대상자를 선정하여야 한다. <개정 2018.10.18>

제11조(일반세무조사 대상자) ① 시장 또는 구청장은 해당 납세자의 세원종합관리상황과 서면신고내용을 종합적으로 검토하여 일반세무조사 대상자를 선정하여야 하고, 제4항의 직접세무조사 대상은 재산의 취득유형, 지방세 감면규모, 사업규모(자본금, 취득금액, 종업원 수 등) 등을 고려하여 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상자를 선정하여야 한다. 다만, 연간 정기선정 대상 건수가 30건을 초과하는 경우에는 지방세심의위원회를 통하여 선정하여야 한다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>

② 제1항의 일반세무조사 대상자 선정 관련 지방세심의위원회 진행은 위원이 일반세무조사 대상자를 식별할 수 없도록 법인명, 대표자명, 사업장 소재지 등을 표기하지 않은 상태로 진행한다. <신설 2020.6.4>

③ 제5조제1항 단서에 따라 시장으로 관할이 이전되었으나 제1항의 지방세심의위원회에서 세무조사 대상에서 제외된 경우에는 구청장이 세무조사를 수행한다. <신설 2020.6.4>

④ 구청장은 일반세무조사 시 서면세무조사를 원칙으로 하고, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 직접세무조사를 할 수 있다. <개정 2020.6.4>

1. 서면세무조사서를 제출하지 아니하거나 불성실하게 작성한 자

2. 자본금이 10억원 이상인 법인 또는 종업원의 급여총액이 「지방세법 시행령」 제85조의2제2항에서 정하는 금액에 50을 곱한 금액 이상인 경우

3. 10억원 이상의 부동산을 취득한 경우

4. 1천만원 이상의 지방세를 비과세ㆍ감면받은 경우

5. 그 밖에 다른 기초자치단체의 장이 세무조사를 의뢰하거나 다른 지방자치단체의 장이 필요하다고 인정하는 경우

⑤ 동일한 납세자에 대한 중복조사방지, 신고납부 풍토조성, 경제ㆍ사회정책의 효율적 지원 등을 위하여 필요한 경우에는 공평성을 해치지 아니하는 범위에서 조사대상을 제외할 수 있다. <개정 2020.6.4>
[제목개정 2020.6.4]

제12조(특별세무조사 대상자) ① 특별세무조사 대상자는 탈세정보자료에 의하여 세금을 탈루한 혐의가 있거나 세금을 탈루한 것으로 의심이 되는 자로 하되, 그 구체적인 선정기준은 시장 또는 구청장이 정할 수 있다. <신설 2020.6.4>

② 제1항에 따라 특별세무조사 대상자를 선정하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 한하여 실시할 수 있다. <개정 2017.6.1, 2018.10.18, 2020.6.4, 2022.1.13>

1. 「지방세기본법」(이하 "법"이라 한다) 제82조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

2. 지방세관계법과 관련된 판례ㆍ지침ㆍ유권해석 등의 변경으로 세무조사가 필요한 경우

3. 서울특별시세의 부과ㆍ징수 업무를 위임받아 수행하고 있는 자치구에 대하여 「지방자치법」 제185조에 따라 지도ㆍ감독 과정에서 탈루혐의가 있다고 인정되는 경우

4. 구청장의 요청이 있거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유로서 일반세무조사로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 시장이 인정하는 경우

③ 제1항의 기획조사대상자 또는 연간 정기선정 대상 건수가 30건을 초과하지 아니한 경우에는 탈루유형, 재산의 취득유형, 지방세 감면규모, 사업규모(자본금, 취득금액, 종업원 수 등) 등을 고려하여 시장 또는 구청장이 별도의 계획과 객관적 기준에 따라 공정하게 조사대상을 선정하여야 한다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>
[제목개정 2020.6.4]

[제13조에서 이동, 종전 제12조는 삭제 <2020.6.4>]

제13조(부분세무조사 대상자) 부분세무조사 대상자는 세원의 특정 항목ㆍ부분 또는 거래 일부 검증으로 조사목적을 달성할 수 있다고 판단하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 선정할 수 있다.

1. 법 제50조제3항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 법제60조제1항에 따른 지방세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우

2. 법 제96조제5항(법 제100조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 법 제88조제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우

3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우

4. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

5. 명의위장, 차명계좌의 이용 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

6. 위장ㆍ가공 거래 등 특정 거래 내용이 사실과 다른 구체적인 혐의가 있는 경우로서 조세채권의 확보 등을 위하여 긴급한 조사가 필요한 경우

[전문개정 2020.6.4]

[종전 제13조는 제12조로 이동 <2020.6.4>]

제14조(영세ㆍ성실기업 등에 대한 세무조사 유예) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 유예대상자 선정일 현재 지방세 체납액이 없는 경우에는 세무조사를 3년간 유예한다. <개정 2017.6.1, 2020.6.4>

1. 최근 5년간 10억원 미만의 부동산을 취득한 자

2. 「서울특별시 모범납세자 등의 지원에 관한 조례」제2조제3호에 따라 유공납세자로 선발된 자

3. 「중소기업기본법」제2조제2항에 따른 소기업 및 「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조에 따른 소상공인. 다만, 최근 5년간 20억원 이상의 부동산을 취득한 소기업 및 소상공인은 제외한다.

4. 「서울특별시 고용우수기업 인증 및 지원 조례」에 따라 인증된 고용우수 중소기업

5. 고용노동부장관이 인증한 「고용창출 100대 우수기업」 중 중소기업

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호에 해당하는 경우에는 유예대상에서 제외한다. <개정 2020.6.4>

1. 해당 법인에 대한 탈세정보가 포착된 경우

2. 건설업으로 등록된 법인이 연간 도급가액 100억원 이상의 시공을 하는 경우

3. 법인의 종업원 수가 50인을 초과하는 경우
[제목개정 2020.6.4]

제3장 세무조사 실시

제15조(중복조사금지) ① 동일한 납세자의 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 해서는 아니되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사를 철회하여야 한다. 다만, 다음 법 제80조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2017.6.1,2018.10.18, 2020.6.4>

1. 삭제 <2020.6.4>

2. 삭제 <2020.6.4>

② 시장 또는 구청장이 세무조사계획을 수립할 때에는 중복조사를 방지하기 위하여 필요한 조치를 마련하여야 한다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>

③ 부분세무조사를 실시한 납세자에 대하여 전부세무조사를 실시하는 경우 부분세무조사를 받은 부분은 조사한 것으로 본다. <개정 2020.6.4>

제16조(조사범위 등의 준수) 세무조사를 하는 경우에는 조사범위ㆍ조사기간 및 조사방법을 미리 정하고 조사공무원은 이를 준수하여야 한다.

제17조(조사범위 확대의 제한) ① 조사공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 세무조사가 진행되고 있는 중에 조사범위를 확대할 수 없다. <개정 2017.6.1, 2018.10.18, 2020.6.4>

1. 구체적인 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 다른 과세기간ㆍ세목 등과 관련되어 있어 이에 대한 조사가 필요한 경우

2. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우

② 조사공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. <신설 2020.6.4>

제18조(조사방법) 세무조사는 조사대상자의 납세성실도수준, 사업규모, 업종, 과세자료 분석내용 등을 고려하여 다음 각 호의 방법에 따라 실시할 수 있다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>

1. 직접세무조사를 하는 때에는 납세자가 비치ㆍ기장하고 있는 장부 및 그와 관련된 증빙서류(전산조직에 의해 장부와 증빙서류를 작성하였을 때에는 전자기록을 포함한다. 이하 같다)조사와 그 장부의 진실성 여부를 검증하기 위한 각종 현황조사, 거래처 또는 현장조사

2. 서면세무조사를 하는 때에는 납세자가 신고하거나 제출한 서류에 의하여 지방세의 납부 또는 과세의 적정여부를 검증할 수 없는 경우에는 제1호의 조사방법을 준용

3. 부분세무조사를 하는 때에는 지방세원의 특정 항목ㆍ부분 또는 거래의 일부의 적정여부를 검증할 수 없는 경우 제1호의 조사방법을 준용

제19조(조사장소의 한정) ① 세무조사는 납세의무자의 주소ㆍ거소ㆍ사무소 또는 사업장에서 실시한다. 다만, 해당 납세의무자의 편의를 위하여 부득이한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>

1. 삭제 <2020.6.4>

2. 삭제 <2020.6.4>

삭제 <2020.6.4>

제20조(조사시간의 제한) 세무조사는 특별한 경우를 제외하고는 그 납세자의 일과근무시간 내에 실시하여야 한다. 다만, 납세자의 요구가 있거나 납세자의 동의를 받은 경우에는 일과시간 외에도 세무조사를 실시할 수 있다. <개정 2020.6.4>

제21조(세무조사의 사전통지) 조사공무원이 세무조사를 실시하는 경우에는 조사개시 15일 전까지 조사대상 세목, 조사기간, 조사사유 및 「지방세기본법 시행령」 제54조제1항 각 호의 사항을 알려야 한다. 다만, 사전에 알릴 경우 증거인멸 등으로 세무조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 때에는 사전통지를 생략하고, 세무조사를 시작하는 때 사전통지 생략이유 등을 기재한 세무조사통지서를 교부하여야 한다. <개정 2017.6.1, 2018.10.18, 2020.6.4>

제22조(세무조사의 연기신청) ① 제21조에 따른 통지를 받은 납세자가 천재지변 등 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 시장 또는 구청장에게 조사를 연기하여 줄 것을 신청할 수 있다. <개정 2020.6.4>

1. 화재나 그 밖의 재해로 사업상 심한 어려움이 있는 경우

2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사를 받는 것이 곤란하다고 판단되는 경우

3. 권한 있는 기관에 장부ㆍ증빙서류가 압수 또는 영치된 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

② 제1항에 따라 세무조사의 연기를 받고자 하는 자는 다음 각 호의 사항을 기재한 신청서를 시장 또는 구청장에게 제출하여야 한다. <개정 2022.1.13>

1. 세무조사를 연기 받으려는 자의 성명과 주소 또는 거소

2. 세무조사를 연기 받으려는 기간

3. 세무조사를 연기 받으려는 사유

4. 그 밖의 필요한 사항

삭제 <2020.6.4>

삭제 <2020.6.4>

제23조(조사기간) 시장 또는 구청장은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모ㆍ조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간을 20일이내로 정하여야 한다. 다만, 납세자의 경제활동에 지장을 주지 않도록 조사기간을 최소화하여야 한다.

[전문개정 2020.6.4]

제24조(조사기간의 계산) 조사기간은 조사시작일(최종 자료제출일부터 기산한다)부터 조사종결일까지의 기간으로 하며, 조사기간 중 토요일ㆍ공휴일 등을 포함한다. <개정 2020.6.4>

제25조(조사기간 연장의 제한) 세무조사를 시작한 후 기한 내에 법 제84조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 시장 또는 구청장은 그 사유가 종료되는 날부터 20일 이내로 세무조사 기간을 연장할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니하고, 조사공무원은 납세자에 대하여 세무조사와 관련한 질문을 하거나 장부 등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다. <개정 2017.6.1, 2020.6.4>

제26조(수색, 압수 등의 금지) ① 세무조사를 실시할 때에는 납세자의 주택 또는 사무실 등을 수색하거나 장부, 서류 등을 압수ㆍ영치할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>

1. 범칙행위가 행하여지는 것을 발견한 경우

2. 비밀장부 등 범칙증거를 발견한 경우

② 제1항 단서의 경우에는 조사공무원은 그 사실을 지체 없이 조사책임자에게 보고하고 지방세 범칙사건조사로의 전환절차를 취하여야 한다. <개정 2020.6.4>

③ 제1항 단서에 따라 장부ㆍ서류 등을 압수ㆍ영치하려는 경우에는 별지 제1호서식의 압수ㆍ영치증 및 별지 제2호서식의 압수ㆍ영치목록을 발급하여야 한다. <개정 2020.6.4>

제27조(장부, 서류 등의 예치) ① 특별세무조사를 실시할 때에는 탈루혐의에 대한 증거서류 등을 확보하기 위하여 부득이한 경우 납세자의 동의를 얻어 장부ㆍ서류 등을 예치할 수 있다. <개정 2020.6.4>

② 제1항에 따라 장부ㆍ서류 등을 예치하고자 하는 경우에는 별지 제3호서식의 예치증 및 별지 제4호서식의 예치목록을 내주어야 한다. <개정 2020.6.4>

③ 제1항에 따른 장부ㆍ서류 등의 예치는 조사목적에 필요한 최소한의 범위에서 실시하여야 한다. <신설 2020.6.4>

제28조(조사권 남용 조사공무원 등에 대한 조치) 시장 또는 구청장은 정당한 절차와 적법한 방법이 아닌 조사편의 등의 수단으로 조사권을 남용한 조사공무원과 조사책임자에 대하여는 재발방지를 위한 필요한 조치를 취하여야 한다. <개정 2020.6.4>

제29조(조사권 행사의 제한과 전문가의 조력을 받을 권리) ① 조사대상 납세자 및 그와 관련된 자에 대한 조사권의 행사는 해당 조사에 필요한 범위에서만 하여야 한다. <개정 2018.10.18, 2020.6.4>

② 납세자는 지방세 세무조사를 받는 경우에 변호사, 공인회계사, 세무사로 하여금 조사에 참석하거나 의견을 진술하게 할 수 있다. <개정 2020.6.4>

제4장 조사사무관리

제30조(조사계획수립) ① 시장 또는 구청장은 업무량과 인력사정 등을 고려하여 연간 종합조사계획을 수립하여야 한다. <개정 2020.6.4>

② 시장은 제1항의 조사계획을 수립할 때에는 구청장의 의견을 수렴하여 동일한 납세자에게 중복조사를 하지 않도록 필요한 조치를 마련하여야 한다. <개정 2020.6.4>

제31조(조사준비) ① 조사공무원이 세무조사를 시작하기에 앞서 활용 가능한 다음 자료를 분석, 검토하여 조사대상자에 대한 문제점과 중점조사 사항을 도출하고 조사방향을 설정함으로써 효율적인 조사가 될 수 있도록 하여야 한다. <개정 2022.1.13>

1. 신고납부내용

2. 전산분석자료

3. 행정기관자료

4. 그 밖의 정보 및 수집자료 등

② 조사공무원은 조사준비과정에서 나타난 문제점을 도출하여 "조사준비서"를 작성하고 조사책임자에게 보고하여야 한다.

③ 조사책임자는 효과적인 조사업무가 집행되도록 미리 조사방향을 설정하고 이를 구체적으로 조사공무원에게 제시하여야 한다.

제32조(부분세무조사의 실시) 시장 또는 구청장은 납세자의 편의 및 조사의 효율성 등을 감안하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부분세무조사를 실시할 수 있다.

1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우

3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우

4. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우
[본조신설 2020.6.4]

[종전 제32조는 제33조로 이동 <2020.6.4>]

제33조(조사지휘) ① 모든 세무조사는 조사책임자의 지휘를 받아 실시한다.

② 조사책임자가 장기간 조사지휘를 할 수 없는 사유가 있는 때에는 그 직무를 대리하는 자가 조사책임자가 된다. 

[제32조에서 이동, 종전 제33조는 제34조로 이동 <2020.6.4>]

제34조(조사의 시작 등) ① 조사공무원은 세무조사를 시작할 때 신분을 증명하는 증표를 납세자 또는 관계인에게 제시한 후 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 직접 낭독해 주어야 하며, 조사사유, 조사기간, 법 제77조제2항에 따른 납세자보호관의 납세자 권리보호 업무에 관한 사항ㆍ절차 및 권리구제 절차 등을 설명하여야 한다.

② 조사공무원은 세무조사를 서면으로 하는 경우에는 제1항에 따라 낭독해 주어야 하는 납세자권리헌장의 요지와 설명하여야 하는 사항을 납세자 또는 관계인에게 서면으로 알려주어야 한다.

[전문개정 2020.6.4]

[제33조에서 이동, 종전 제34조는 제35조로 이동 <2020.6.4>]

제35조(조사내용 보고) 조사공무원은 조사한 사항을 조사책임자에게 보고하여야 한다.

[전문개정 2020.6.4]

[제34조에서 이동, 종전 제35조는 제36조로 이동 <2020.6.4>]

제36조(조사진행관리) ① 조사공무원은 준비조사에서 도출된 문제점과 조사책임자의 지시사항에 대하여 빠짐없이 조사하고, 그 조사내용을 서면으로 복명하여야 한다.

② 세무조사의 보고를 받은 조사책임자는 선정된 조사대상에 대한 조사가 누락되지 않도록 앞으로 조사할 사항과 새로운 문제점에 대하여 조사방향을 제시하여야 한다.

③ 선정된 조사대상이 서면세무조사서 등 자료제출을 거부ㆍ기피하는 경우 법 제108조제1항에 따른 과태료를 부과하여야 한다.

④ 조사공무원은 세무조사에서 적출된 모든 사항에 대하여 명확한 증거서류를 확보하고, 분쟁의 소지를 미리 예방하여야 한다. <신설 2020.6.4>

[전문개정 2020.6.4]

[제35조에서 이동, 종전 제36조는 삭제 <2020.6.4>]

제37조(조사의 종결) ① 조사공무원은 세무조사를 종결하려는 경우에는 조사한 내용을 정리하여 조사책임자에게 조사결과를 보고하여야 한다.

② 제1항에 따른 조사종결 보고를 받은 조사책임자는 그 내용을 검토하여 조사의 종결 여부를 결정하여야 한다.

③ 조사공무원은 납세자 또는 납세관리인에게 조사결과에 대하여 구체적으로 설명하여야 하며, 조사결과에 대한 이의가 있을 경우 납세자의 권리구제 방법을 상세히 알려주어야 한다.
[본조신설 2020.6.4]

[제38조에서 이동 <2020.6.4>]

제38조(세무조사 결과통지) ① 조사공무원은 세무조사 결과를 확정하였을 때에는 조사결과를 확정한 날로부터 7일 이내에 서면으로 다음 각 호의 사항을 납세자에게 통지하여야 한다. <신설 2020.6.4>

1. 세무조사 대상 기간 및 세목

2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유 및 산출근거

3. 법 제49조에 따라 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다는 사실

4. 법 제88조제1항에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 결과 통지를 생략할 수 있다. <개정 2017.6.1, 2018.10.18, 2020.6.4>

1. 「지방세징수법」 제22조제1항에 따른 납기 전 징수의 사유가 있는 경우

2. 조사결과를 통지하려는 날부터 부과제척기간의 만료일 또는 징수권소멸시효 완성일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

3. 납세자의 소재가 불명하거나 폐업으로 통지가 불가능한 경우

4. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 영업소를 두지 아니한 경우

5. 법 제88조제5항제2호 단서 및 법 제96조제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 마친 경우

6. 세무조사 결과 통지서의 수령을 거부하거나 회피하는 경우

[제37조에서 이동, 종전 제38조는 삭제 <2020.6.4>]

제39조(과세정보 통보와 조사기법의 개발보급) ① 조사과정에서 파악되는 각종 과세정보는 "과세자료처리대장"에 등재하고, 다른 지방자치단체와 관련된 과세자료 또는 국세와 관련된 자료는 그 지방자치단체의 장 또는 세무서장에게 지체 없이 통보하여야 한다.

② 조사공무원은 조사과정에서 발견된 법령 및 제도상의 문제점이 시정될 수 있도록 시장과 행정안전부장관에게 보고하여야 한다. <개정 2018.1.18>

③ 시장은 조사기법을 개발하고 이를 보급하기 위하여 조사기법사례를 관리하여 구청장에게 통보하여야 한다.

제40조(세무조사 명부 및 자료 관리) ① 시장 또는 구청장은 세무조사 대상 법인의 현황ㆍ조사연혁 및 폐업사실 등을 작성ㆍ관리하여야 한다. <신설 2020.6.4>

② 조사공무원은 중복 세무조사 방지 및 업무 효율화를 위해서 다음 각 호를 세무종합시스템에 입력하고 관리하여야 한다. <개정 2020.6.4, 2022.1.13>

1. 세무조사 대상자

2. 세무조사 기간ㆍ내용ㆍ추징세액ㆍ추징사유ㆍ증빙자료ㆍ불복내용

3. 납세자별, 세목별 세무조사 결과 대장 관리 등 그 밖의 필요한 업무

③ 시장은 세무조사 자료의 효율적인 관리를 위하여 세무종합시스템을 최적화 상태로 유지하여야 한다. <개정 2020.6.4>
[제목개정 2020.6.4]

제5장 보칙

제41조(조사공무원 행동수칙 등) ① 법 제140조제2항에 따른 조사공무원의 증표는 시장 및 구청장이 조사공무원별로 1매씩 발급하고, 퇴직ㆍ전출 등의 변동사유가 발생하는 경우에는 지체 없이 증표를 회수하여 파기하여야 한다. <개정 2020.6.4>

② 조사공무원은 "조사공무원 행동수칙"을 자세히 알고 이를 준수하여야 한다.

삭제 <2020.6.4>

부칙 <제4081호,2016.4.7>

제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 규칙 시행 당시 종전의 규정에 따라 세무조사하였거나 세무조사하여야 할 대상에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

부칙 <제4143호,2017.2.23>(서울특별시 자치법규 일괄정비를 위한 규칙)

이 규칙은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제4166호,2017.6.1>(서울특별시 시세 기본 조례 시행규칙)

제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

제2조 생략

제3조(법령 개정에 따른 다른 규칙의 개정) ① 서울특별시 세무조사운영규칙 일부를 다음과 같이 개정한다.

제1조 및 제2조제1호 중 “「지방세기본법」 제136조”를 “「지방세기본법」 제140조”로 한다.

제5조제1항 중 “「서울특별시 시세기본조례」 제5조제1항”을 “「서울특별시 시세 기본 조례」 제3조제1항”으로 한다.

제11조제4항 중 “「서울특별시 시세기본조례」 제5조제6항”을 “「서울특별시 시세 기본 조례」 제3조제4항”으로 한다.

제13조제1항제1호 중 “「지방세기본법」 제110조제2항”을 “「지방세기본법」 제82조제2항”으로 한다.

제14조제1항제3호 중 “「소기업 및 소상공인지원을 위한 특별조치법」 제2조제2호”을 “「소상공인 보호 및 지원에 관한 법률」 제2조”로 한다.

제15조제1항제1호 중 “지방세기본법 제108조제2항”을 “「지방세기본법」 제80조제2항”으로 한다.

제17조제2호 중 “지방세기본법 제9장”을 “「지방세기본법」 제8장”으로 한다.

제21조 중 “「지방세기본법 시행령」 제92조제1항”을 “「지방세기본법 시행령」 제54조제1항”으로 한다.

제25조 중 “「지방세기본법」 제112조제1항”을 “「지방세기본법」 제84조제1항”으로 한다.

제33조제2항 및 제41조제1항 중 “「지방세기본법 시행규칙」 제62조”를 “「지방세기본법 시행규칙」 제52조”로 한다.

제37조제1호 중 “「지방세기본법」 제73조제1항”을 “「지방세징수법」 제22조제1항”으로 한다.

② 생략

제4조 생략

부칙(서울특별시 자치법규 일괄정비를 위한 규칙) <제4198호,2018.1.18>

이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 <제4247호,2018.10.18.>

이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 <제4351호,2020.6.4>

이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

부칙(어려운 한자어 등의 정비를 위한 서울특별시 규칙 일괄개정규칙) <제4461호, 2022.1.13>

이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.

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